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サイト全体に関わる「独自のCSS」はどのファイルに書くべきでしょうか？

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サイトのテーマを１つに固定して変更する予定がなければ問題ないのですが、
（例えば部署や学年などといった）区分ごとにテーマを変えようとすると、
読み込み元であるCSSファイルが一致しなくなることが懸念されます。
（独自JavaScriptも同様）
　

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左上のサイトタイトル（.nav-brand）、ヘッダーエリアのサイトタイトル（#main-title ）に対し、個別テーマCSSで調整を試みたが･･･

　
（検証方法）テーマのCSSを書き換えた後に「テーマチェンジャー」を使う

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－－－　記述先の選択肢　－－－
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（１）app.css の末端に追記する
〈!-- Styles --〉
〈link href="https://ドメイン名/css/app.css" rel="stylesheet"〉

→ おそらく最も正解に近いのはこれ。

　
（２）開発業者による全体的なCSS
〈!-- Connect-CMS Global CSS --〉
〈link href="https://ドメイン名/css/connect.css" rel="stylesheet"〉

→ 開発が進むと上書きされてしまう可能性がある。
　（コピー＆ペーストで追記できる状態でのバックアップが重要？）

　
（３）個別／自作テーマのCSS
〈!-- Themes CSS --〉
〈link href="https://ドメイン名/themes/Users/mycolor-1/themes.css" rel="stylesheet"〉

→ 使用するテーマを固定し、今後変更しない場合はここに書く。
　ただし、開発者が用意してくれたテーマの場合は上書きされるかもしれない。
　（コピー＆ペーストで追記できる状態でのバックアップが重要？）

　
（４）ページ.CSS
〈!-- Connect-CMS Page CSS --〉
〈link href="https://ドメイン名/test01/file/css/1.css" rel="stylesheet"〉

→ 実質的には上の（３）の個別/自作テーマを選んでいることになるので、同上

（５）「固定記事」プラグインのソースコードの中でスタイルを記述する

→ 最も確実だが、メンテナンスとして大変。